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關(guān)于大容量錐形離心瓶在科研實(shí)驗(yàn)中應(yīng)用問(wèn)題的討論
Conical Centrifuge Tubes或Conical-bottom Centrifuge Bottles,因瓶體長(zhǎng)度中近三分之一呈圓錐形,故稱作錐形離心瓶、尖底離心瓶。
通常,組織培養(yǎng)實(shí)驗(yàn)中胰蛋白酶消化后的活細(xì)胞離心,分子生物實(shí)驗(yàn)中細(xì)菌離心收獲(harvest)及大容量組織勻漿或細(xì)胞裂解液的澄清(clarifying)等常規(guī)中低速實(shí)驗(yàn),依托臺(tái)式離心機(jī)即可實(shí)施操作。而錐形瓶因底部特殊造型,有利于樣品組分離心形成的顆粒物(pelleting)聚集分布在瓶底錐間一小塊區(qū)域,對(duì)最大程度收集沉淀或傾倒上清十分方便,因此深受實(shí)驗(yàn)人員喜愛。
工作中我們注意到,對(duì)錐形離心瓶的使用,可能還存在一些認(rèn)識(shí)上的誤區(qū),技術(shù)上也有亟待掃除的盲點(diǎn)。為此,本篇嘗試從離心機(jī)轉(zhuǎn)頭工作原理、錐形離心瓶外形特點(diǎn)與實(shí)驗(yàn)應(yīng)用要求三個(gè)角度,探討錐形瓶在科研實(shí)驗(yàn)中應(yīng)用方法這一問(wèn)題。
一、錐形離心瓶的運(yùn)用是否不可替代?
要澄清這一問(wèn)題,需要從錐形離心瓶在水平轉(zhuǎn)頭和定角轉(zhuǎn)頭兩種離心模式下對(duì)其樣品組分沉淀生成原理加以具體分析。
如圖1所示,當(dāng)采用水平轉(zhuǎn)頭離心時(shí),樣品組分粒子在數(shù)百至數(shù)千倍重力的離心力作用下,克服液體的阻力水平方向發(fā)生沉降運(yùn)動(dòng)。大部粒子前進(jìn)、深入離心瓶錐體后,會(huì)遭遇瓶壁的阻擋。而此時(shí),水平方向的離心力可人為分解成方向垂直于錐體側(cè)壁和平行于錐體的兩個(gè)分力。粒子沉降方向變化,將緊貼、沿著瓶壁向外側(cè)繼續(xù)遷移。這將使瓶底部樣品粒子密度激增,進(jìn)而粒子聚集形成有形顆粒而沉淀。
在錐形瓶底的約束和強(qiáng)大的離心力作用下,沉淀顆粒向下、向外遷移而堆積集在錐頂一狹小區(qū)域內(nèi)。而在平底(Flat-Bottom)或圓底(Round-Bottom)離心瓶中,粒子可保持水平方向沉降直至瓶底,因此,沉淀顆粒物可散布至整個(gè)瓶底范圍。
對(duì)于需要回收沉淀組分的應(yīng)用,如培養(yǎng)的酵母菌、細(xì)胞等,沉淀分布越集中,越利于完整回收,減少損耗。而對(duì)于細(xì)胞器制備中采集上清、去除死細(xì)胞及細(xì)胞碎片組分操作,平底瓶中沉淀過(guò)于分散,傾倒上清過(guò)程中往往容易有沉淀顆粒被液流蕩滌裹挾而混入。為避免沉淀污染而廢棄瓶底部分上清,必造成上清損失。因此,水平離心操作應(yīng)用中,采用錐形瓶有助于實(shí)現(xiàn)樣品高回收率。
離心瓶若采用R10A5、JLA-10.500等固定傾角轉(zhuǎn)頭離心,則情況有所不同。
如圖2所示,將兩種離心瓶置于具有26°傾角的角轉(zhuǎn)頭R10A5中離心時(shí),在300×g RCF及更高RCF離心條件下,樣品顆粒形成后會(huì)趨向離心瓶的最大離心半徑處聚集。錐形和平底兩種離心瓶中生成的沉淀均呈局限性分布。
理論上,轉(zhuǎn)頭傾角(通常為20°- 30°范圍)增大,則兩款離心瓶中沉淀斑的重心將靠近瓶壁、瓶底交界線,沉淀分布范圍擴(kuò)散。平底離心瓶的最大離心半徑處呈90°夾角,而錐形瓶相應(yīng)位置的瓶體夾角近135°。相同樣品離心條件下,平底離心瓶中沉淀斑塊要比錐形瓶?jī)?nèi)的小且厚實(shí)。
可見,錐形瓶無(wú)論是在水平轉(zhuǎn)頭、角轉(zhuǎn)頭中離心,都具有沉淀分布局限化的特點(diǎn)。但這并非錐形瓶的專利。將平底離心瓶置于角轉(zhuǎn)頭中工作時(shí),也可產(chǎn)生與錐形瓶水平離心近似的分離效果。
二、錐形瓶主要適用于中低速離心?
從病毒樣顆粒(Virus-Like Particles,eVLPs)、腺相關(guān)病毒(adeno-associated virus, AAV)載體分離到干細(xì)胞的分離,從化合物抗菌活性研究到蛋白翻譯后修飾、染色質(zhì)相關(guān)蛋白復(fù)合物(protein components of chromatin associated complexes)分析等眾多科研實(shí)踐中,人們將錐形離心瓶用于細(xì)菌、酵母菌、sf9昆蟲細(xì)胞、哺乳動(dòng)物細(xì)胞及模式生物秀麗隱桿線蟲的大規(guī)模培養(yǎng)后的收獲操作。
表1 品牌錐形離心瓶實(shí)驗(yàn)應(yīng)用報(bào)道舉隅
實(shí)驗(yàn)樣品 | 離心參數(shù) | 所用錐形瓶 | 所用離心機(jī)轉(zhuǎn)頭 | 文獻(xiàn)號(hào) |
人胎盤解離液 (分離細(xì)胞滋養(yǎng)層細(xì)胞) | 500×g - 20min | NUNC 200mL瓶 376813 | - | 1 |
人體脂質(zhì)抽吸物 (分離基質(zhì)血管組分, SVFs) | 800×g - 5min | Falcon 225mL瓶 352075 | - | 2 |
小鼠J1 ES胚胎干細(xì)胞培養(yǎng)物 | 2400×g - 15min | Corning 250mL瓶 430776 | JS 4.2甩平轉(zhuǎn)頭 | 3 |
hog1Δ cells細(xì)胞培養(yǎng)物 | 1819×g - 3min | Corning 250mL瓶 430776 | H6000A甩平轉(zhuǎn)頭 | 4 |
293F細(xì)胞培養(yǎng)物 | 2000×g | Corning 500mL瓶 431123 | Sorvall Legend XTR離心機(jī) | 5 |
Sf9昆蟲細(xì)胞培養(yǎng)物(94–001F) | 800×g - 10min | Corning 500mL瓶431123 | - | 6 |
釀酒酵母菌VL6-48培養(yǎng)物 | 1860×g - 5min - RT | Falcon 225mL瓶352075 | SLA-1500角轉(zhuǎn)頭 | 7 |
硫酸鹽還原菌培養(yǎng)物 (D. desulfuricans ATCC 27774) | 6766×g - 20min - 4 ℃ | Corning 250mL瓶430776 | JS-4.2甩平轉(zhuǎn)頭 | 8 |
膿腫分枝桿菌培養(yǎng)液 (Mab ATCC 19977) | 3220×g - 10min - 4 ℃ | Nunc 200mL瓶376813 | - | 9 |
大腸桿菌培養(yǎng)物 (除去XL-1 Blue菌液上清) | 3000×g - 15min - 4℃ | Falcon 225mL瓶352075 | J6-M1離心機(jī) | 10 |
添加PEG的培養(yǎng)液上清 (沉淀噬菌體顆粒) | 15000×g - 15min - 4℃ | Nalgene 250mL平底瓶 | Avanti J-E or Avanti J-26 XP離心機(jī) | |
FreeStyle 293-F ExpiCHO-S細(xì)胞培養(yǎng)液 | 500×g - 10min - 4 ℃ | Corning 250mL瓶430776 | Avanti J-26 XP離心機(jī) | 11 |
澄清處理后的細(xì)胞培養(yǎng)液上清 (除去細(xì)胞碎片) | 10000×g - 20min - 4℃ | |||
HEK293細(xì)胞培養(yǎng)物 (用于分離純化rAAV) | 2000rpm - 10min - 4℃ | Corning 250mL瓶430776 | - | 12 |
資料表明,從大量的酵母菌、厭氧菌、大腸桿菌、秀麗隱桿線蟲、組織細(xì)胞及蛋白真核細(xì)胞表達(dá)系統(tǒng)等起始材料中提取質(zhì)粒、細(xì)胞核、蛋白、病毒類顆粒時(shí),大容量錐形離心瓶的使用可為操作提供極大方便。
哺乳動(dòng)物細(xì)胞、昆蟲細(xì)胞培養(yǎng)物的收獲離心操作常用RCF 200 - 2000×g的設(shè)定。培養(yǎng)菌體的收集時(shí)RCF設(shè)置以1800 - 3000×g居多。
但錐形離心瓶并非如只能進(jìn)行RCF 7000×g以下的中低速離心。根據(jù)文獻(xiàn)11報(bào)道,Corning 250mL錐形瓶(430776)在高達(dá)10000×g RCF條件下正常工作是可行的。事實(shí)上,Nalgene、Nunc等廠商為高速離心應(yīng)用提供了可耐受RCF 10000xg離心的錐形瓶。就文獻(xiàn)10和11實(shí)驗(yàn)應(yīng)用而言,條件許可時(shí),采用Nalgene 3144-0175、3143-0175兩款175mL錐形離心瓶完全可行。
因此,在大規(guī)模質(zhì)粒和蛋白提取、外泌體等細(xì)胞器的差速離心分離、噬菌體PEG分離等應(yīng)用中,大容量、高速錐形離心瓶的引入將給操作流程帶來(lái)事半功倍的效果。
三、錐形離心瓶運(yùn)用需面臨的問(wèn)題
錐形離心瓶下部為錐體造型,在瓶體外徑、帶蓋工作高度相同情況下,錐形瓶的有效容量低于常規(guī)平底離心瓶。將Corning 430776錐形離心瓶(250mL;59.7×161 mm)與Nalgene 3120-0250平底離心瓶(250mL;61.8×125.2 mm)、Corning 431841旋蓋離心瓶(250mL;60×128 mm)對(duì)比,一眼便知。
而錐形瓶要扭轉(zhuǎn)容量上的相對(duì)劣勢(shì),只能從增加瓶體的高度或(和)瓶體直徑這兩方面挖掘潛力。以500mL 的Corning 431123錐形離心瓶(95.5×146.8 mm)為例,其瓶身遠(yuǎn)比相同容量的Corning 431846密封蓋離心瓶(69×170 mm)、Nalgene 3120-9500離心瓶(69.5×158.9mm)粗,已達(dá)到1L Beckman C31597離心瓶(96×191mm)和Himac 1000PP廣口離心瓶(98×170mm)的體量。
瓶體高度增加或直徑加大,使錐形瓶無(wú)法用于針對(duì)相同通量平底離心瓶尺寸設(shè)計(jì)的轉(zhuǎn)頭。事實(shí)是:
1)額定容量250mL的Nalgene或Corning錐形離心瓶,無(wú)法安裝到6×250mL角轉(zhuǎn)頭中離心;
2)無(wú)論是5804R離心機(jī)S-4-72水平轉(zhuǎn)頭,或5810R的A-4-62水平轉(zhuǎn)頭,轉(zhuǎn)頭配套的250mL離心瓶適配器只能承載Nunc 200mL (376813)、Falcon (352076)錐形瓶;
3)500mL 錐形瓶,不適用于4×500mL的A-4-81水平轉(zhuǎn)頭,只能在Multifuge-X4R pro的TX-1000或TX-750、5810R的S-4-104水平轉(zhuǎn)頭以及Avanti J-HC的JS-4.2等4×750mL及4×1000mL的大容量水平轉(zhuǎn)頭上使用。
因此,錐形離心瓶的使用不如平底離心瓶靈活,它對(duì)工作離心機(jī)配置資源是有技術(shù)門檻限制的。
四、錐形瓶離心運(yùn)用的離心機(jī)資源條件
錐形離心瓶正常工作需要有工作容量可與之匹配的離心機(jī)、轉(zhuǎn)頭及錐形瓶相應(yīng)適配附件配置做支撐。
4.1 離心機(jī)主機(jī)平臺(tái)的性能要求
若是常規(guī)培養(yǎng)細(xì)胞、菌體離心收獲或收集上清,轉(zhuǎn)頭Max RCF達(dá)到3000-4000×g能滿足操作要求,則配置4×250mL及更大容量水平轉(zhuǎn)頭的臺(tái)式離心機(jī),即具備錐形離心瓶使用基礎(chǔ)條件。
表2 常用品牌錐形離心瓶工作RCF參數(shù)表
錐形瓶品名 | 品牌 | 型號(hào)/貨號(hào) | 可耐受最大RCF |
250mL錐形離心瓶 | Nunc | 376814 | 10000×g |
200mL錐形離心瓶 | Nunc | 376813 | 7100×g |
175mL錐形離心瓶 | Nalgene | 3144-0175 | 27500×g |
175mL錐形離心瓶 | Nalgene | 3143-0175 | 27500×g |
175mL錐形離心瓶 | Nalgene | 3145-0175 | 5800×g |
250mL錐形離心瓶 | Corning | 430776 | 6000×g |
500mL錐形離心瓶 | Corning | 431123 | 6000×g |
175mL錐形離心瓶 | Falcon | 352076 | 7500×g |
225mL錐形離心瓶 | Falcon | 352075 | 7500×g |
文獻(xiàn)報(bào)道中常用的Falcon 175mL錐形瓶352076,外徑60.7mm,帶蓋總高度120.4 mm,可與多數(shù)主流品牌臺(tái)式離心機(jī)的4×250mL水平轉(zhuǎn)頭兼容。如Multifuge X1R Pro的TX-400轉(zhuǎn)頭(4×400mL/62×135 mm/4696×g)、eppendorf 5804R的S-4-72轉(zhuǎn)頭(4×250mL/62×130mm/3234×g)、Sigma 3-16K或3-18K的11180轉(zhuǎn)頭(4×400mL/62×139.2mm/4200×g),Allegra X-30R配備的SX4250(4×250mL/61.6×125mm/3900×g)等,均具有支持Falcon 175mL錐形瓶離心的能力。
若樣品離心力要求高(如RCF超過(guò)5000×g),雖然仍處于離心瓶的安全離心力限度范圍,但符合實(shí)驗(yàn)要求的臺(tái)式機(jī)轉(zhuǎn)頭稀缺。此時(shí),Avanti J-E、Avanti JXN-26、Himac CR22N、Sorvall LYNX 4000等大容量立式離心機(jī)是較理想的解決方案。就Falcon 175mL錐形瓶而言,如立式離心機(jī)中的Avanti JXN-26的JLA-16.250角轉(zhuǎn)頭和JS-7.5水平轉(zhuǎn)頭(4×250mL/62×136mm/10400×g)、Avanti J-E或Avanti J-26S XP離心機(jī)的JLA-16.250角轉(zhuǎn)頭或JS-5.3 ALLSPIN水平轉(zhuǎn)頭(4×500mL/6670×g)、Himac CR22N的R14A、Sorvall RC-6 Plus的SLA-1500角轉(zhuǎn)頭都可作為資源選項(xiàng)。
4.2 轉(zhuǎn)頭工作容量的要求
錐形離心瓶比同等容量的平底離心瓶要高,除去Falcon 352076、352075兩款錐形瓶,Corning 250mL錐形瓶、Nunc 200mL錐形瓶及Nalgene 175mL錐形瓶都均無(wú)法在目前在產(chǎn)標(biāo)準(zhǔn)6×250mL角轉(zhuǎn)頭中安裝,只能在6×500mL、4×1000mL、6×1000mL大容量角轉(zhuǎn)頭或工作容量4×500mL、4×750mL及4×1000mL水平轉(zhuǎn)頭中使用。
這使得離心機(jī)常規(guī)實(shí)驗(yàn)應(yīng)用定制的容量轉(zhuǎn)頭和配置方案,很可能無(wú)法滿足實(shí)驗(yàn)室現(xiàn)有錐形瓶運(yùn)行要求。如Mutifuge X4R Pro離心機(jī)的F14-6x250LE角轉(zhuǎn)頭(6×250mL;62×125 mm)、eppendorf 5804R的S-4-72水平轉(zhuǎn)頭(4×250mL; 62×130 mm),5810R的A-4-62水平轉(zhuǎn)頭(4×250mL;62×136 mm)等,都面臨這一問(wèn)題。
4.3 錐形瓶適配附件的要求
錐形離心瓶無(wú)論在何種轉(zhuǎn)頭上使用,均須用離心機(jī)轉(zhuǎn)頭配套錐形瓶專用適配器或離心瓶制造商提供的離心瓶適配器(centrifuge Bottle adapter)或瓶墊(centrifuge Tube cushion,Bottle insert,Bottle cushion)墊于瓶底。
不同離心機(jī)制造商、轉(zhuǎn)頭可提供的配套適配件功能類型不盡一致。
錐形瓶與轉(zhuǎn)頭可有兩種工作組合模式。
一種是角轉(zhuǎn)頭常用的圓底瓶適配器+錐形瓶墊+錐形瓶模式。此模式是先在角轉(zhuǎn)頭離心孔底安裝平底離心瓶適配器,適配器上方疊放錐形瓶墊,最后將離心瓶安裝在瓶墊上。250mL錐形瓶在Avanti JXN-26立式離心機(jī)JLA-10.500角轉(zhuǎn)頭(含362750適配器)、Himac CR22N離心機(jī)R10A5角轉(zhuǎn)頭和Sorvall LYNX 6000 F12-6x500LEX角轉(zhuǎn)頭(含010-0152適配器)上離心,均屬于這種模式。
第二種是水平轉(zhuǎn)頭用的離心瓶+錐形瓶專用適配器模式。這就需安裝離心機(jī)制造商專門為錐形瓶量身定制的錐形瓶適配器。專用錐形適配器的外部與平底離心瓶底部尺寸一致,可與轉(zhuǎn)頭離心孔底部緊密貼合。其內(nèi)面為錐形,與錐形瓶底部嚴(yán)絲合縫。Multifuge X4R Pro離心機(jī)的TX-1000和eppendorf 5810R的S-4-104轉(zhuǎn)頭,均自帶Corning 500mL錐形瓶適配器。將此適配器在吊籃中安裝就位后將錐形瓶插入適配器即可,無(wú)需使用Corning 500mL錐形瓶墊431124即可實(shí)現(xiàn)安全離心。TX-1000轉(zhuǎn)頭還可提供另一款適配器75005392,用于62×145mm尺寸瓶體,可兼容250mL Corning 錐形離心瓶、200mL Nunc 錐形瓶及175mL Nalgene錐形瓶。
4.4 錐形瓶高度范圍的要求
業(yè)內(nèi)所標(biāo)注的錐形瓶高度通常指的是離心瓶合蓋后總高度。不同品牌、型號(hào)和容量的錐形瓶高度存在差別。
表3 品牌錐形離心瓶外形尺寸表
品名 | 品牌 | 型號(hào) | 離心瓶尺寸(外徑×高度) |
175mL錐形離心瓶 | Falcon | 352076 | 60.7×120.4 mm |
225mL錐形離心瓶 | Falcon | 352075 | 60.7×139.4 mm |
250mL錐形離心瓶 | Corning | 430776 | 59.7×161.0 mm |
175mL錐形離心瓶 | Nalgene | 3143-0175 | 61.8×139.4 mm |
175mL錐形離心瓶 | Nalgene | 3144-0175 | 61.8×140.5 mm |
175mL錐形離心瓶 | Nalgene | 3145-0175 | 61.5×135.6 mm |
200mL錐形離心瓶 | Nunc | 376813 | 59.9×137.2 mm |
250mL錐形離心瓶 | Nunc | 376814 | 59.7×145 mm |
實(shí)驗(yàn)者更應(yīng)關(guān)注離心瓶的工作高度參數(shù)。
錐形離心瓶的工作高度是指離心瓶與瓶墊或轉(zhuǎn)頭的錐形適配器組合后的總高度。通常,瓶-墊組合體的高度比離心瓶高度多出5-10mm。評(píng)估錐形離心瓶與工作轉(zhuǎn)頭時(shí)匹配程度時(shí),瓶墊的增高作用不可忽略。
不同品牌、型號(hào)轉(zhuǎn)頭適用的離心瓶高度范圍不一。
錐形瓶的瓶蓋高近2.5cm,而直徑約為瓶體直徑的一半。手指捏緊瓶蓋即可輕松完成樣品瓶在角轉(zhuǎn)頭或水平吊籃適配中的裝卸。故錐形瓶的瓶體高度低于轉(zhuǎn)頭建議標(biāo)高,并不妨礙離心操作。
但瓶體工作高度超標(biāo)情況則大為不同。忽視轉(zhuǎn)頭可接受的離心瓶工作高度上限強(qiáng)行上樣,輕則影響轉(zhuǎn)頭蓋或吊籃密封蓋的正確安裝,重則在轉(zhuǎn)頭啟動(dòng)、吊籃向內(nèi)側(cè)擺過(guò)程中,瓶蓋與轉(zhuǎn)頭軛部(Yoke)接觸而極易引發(fā)離心安全事故。
因此,錐形瓶瓶體高度應(yīng)秉持“從低不從高”的原則。
無(wú)論哪種離心瓶與轉(zhuǎn)頭屬工作組合,錐形瓶離心操作只有在與離心機(jī)管理員、技術(shù)服務(wù)人員確認(rèn)設(shè)備配置符合特定錐形瓶工作條件時(shí)方可進(jìn)行。
五、結(jié)語(yǔ)
大容量錐形離心瓶的特殊外形設(shè)計(jì),無(wú)論是用于角轉(zhuǎn)頭還是水平轉(zhuǎn)頭中工作,離心生成沉淀的分布集中,既方便傾盡上清又便于完整回收沉淀。RCF5000×g以內(nèi)的中低速離心應(yīng)用環(huán)境中,采用Corning、Falcon錐形瓶比常規(guī)平底離心瓶的成本優(yōu)勢(shì)更顯著,且簡(jiǎn)便易行。
而當(dāng)錐形瓶用于細(xì)胞器差速離心分離、大規(guī)模質(zhì)粒提取純化、噬菌體提取等高達(dá)RCF 10000×g以上的離心實(shí)驗(yàn)時(shí),需有立式大容量高速離心機(jī)、500mL-1L角轉(zhuǎn)頭及配套適配器支持,雖分離效果與平底離心瓶趨近,但操作較為繁瑣。
文獻(xiàn)10研究項(xiàng)目中,實(shí)驗(yàn)者用Avanti J-E落地離心機(jī)的JLA-16.250(或JA-14)角轉(zhuǎn)頭,在250mL平底離心瓶以15000×g RCF工作轉(zhuǎn)速實(shí)現(xiàn)對(duì)培養(yǎng)菌體碎片的有效分離。這驗(yàn)證了本文開頭的論點(diǎn):角轉(zhuǎn)頭中離心時(shí),平底離心瓶具有與錐形瓶同等離心效果。
參考文獻(xiàn)
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